Il entreprend, avec Alexandre de Humboldt, un voyage naturaliste (essentiellement botanique) en Amérique, de 1799 à 1804.
Lettre à Fr. DELESSERT, Montevideo, 26 décembre 1853 : "Le terrain que je possède (ici en Uruguay) a 5 lieues de superficie... J'ai cultivé tout ce que m'ont permis les bras que j'avais à ma disposition. Mes principales cultures sont celles du maïs, diverses variétés de Jatropha manihot (manioc), Convolvulus batatas (patate), d'Arachis hypogea (arachide), de pommes de terre. J'ai planté des pêchers, des orangers, de la vigne. S'il était possible de vendre les 2 propriétés que j'ai sur l'Uruguay, je n'hésiterais pas à m'en défaire. Alors j'irais à Paris pour revoir l'Académie des Sciences, retrouver le peu de mes amis qui existent encore, publier mes observations, et j'attendrais tranquillement ma dernière heure."
Bibliographie :
1) BONPLAND Aimé, Les plantes équinoxiales recueillies au Mexique, à Cuba... et sur les bords de l'Orénoque (1805).
2) BONPLAND Aimé et Alexandre de Humboldt, Voyage aux régions équinoxiales du Nouveau Continent (1815).
3) BONPLAND Aimé, Mimosées et autres plantes légumineuses du Nouveau Continent (1819).
4) HAMY E. T., Aimé Bonpland, médecin et naturaliste explorateur de l'Amérique du Sud, Ed. Guilmoto (1906).